De niña era tan pequeña que su madre, preocupada porque no creciera lo suficiente, la llevó a un gimnasio en el que la ataban de las manos y le estiraban de los pies para intentar alargar su cuerpo.
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Clara, la esposa de Esteban Trueba en "La casa de los espíritus", es, según confesión de la propia Allende, un personaje inspirado en la abuela de Allende, una discípula de Madame Blavatsky que experimentaba con la telepatía porque no confiaba en el correo.
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Cuando tenía unos seis años fue expulsada de la escuela de monjas alemanas en la que estudiaba debido a que había promovido un concurso de calcetines, en el que, inevitablemente, había que mostrar las piernas. "Esa fue la excusa que usaron", dice, "pero en realidad fui expulsada porque mi madre se había separado de mi padre y mantenía una relación con el hombre que luego se convertiría en mi padrastro. Las monjas no podían tener en la escuela a la hija de aquella mujer que estaba causando un escándalo".

Otra anécdota curiosa relacionada con las monjas, se remonta al día de su primera comunión. Acudía entonces a un colegio de monjas inglesas, que le proporcionaron una lista de pecados para que la revisara y se confesara de aquellos en los que había incurrido. "Como no me acordaba de muchos de los míos, tuve la idea de confesar los más graves de la lista: si me perdonan los pecados mayores, ¿cómo no me van a perdonar los menores?". Siguiendo este razonamiento, confesó ser adúltera y otros pecados por el estilo, pero en lugar de una absolución lo que consiguió fue que una de las hermanas le lavara la boca con jabón.
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En 1981 recibió la noticia de que su abuelo, al que adoraba, estaba a punto de morir. Era el día 8 de enero, y la carta que comenzó a escribirle resultó ser el inicio de su primera novela, "La casa de los espíritus". Desde entonces, cada 8 de enero empieza una nueva novela. "Fue un libro muy afortunado, de modo que consideré propicia aquella fecha. Es una cuestión de superstición, pero principalmente de disciplina. En este trabajo no tienes fecha de entrega ni jefe. Tienes que imponerte la disciplina tú misma, si no nadie lo hará".
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Se casó en julio de 1988 con William Gordon, su segundo marido, porque necesitaba el permiso de residencia en Estados Unidos. El único otro modo de conseguirlo era trabajando. Empezó a dar clases en una universidad de California, pero a los tres meses se dio cuenta de que no había escrito ni una línea. "Entonces lo puse entre la espada y la pared por culpa de un chiste que hizo sobre el matrimonio en una cena con otras personas delante. Dijo que él no se volvería a casar si no le quedaba otro remedio que hacerlo… Y yo allí mismo monté en cólera macha. Le dijo que yo había hecho un compromiso formal con él al renunciar a mi casa en Venezuela, a mis hijos, a mis amigos, a todo, lo había dejado todo al cabo de 13 años por venirme a vivir con él. Le dije que si eso no era un compromiso completo, ¿qué era entonces? Y él no había hecho nada semejante. Willie dijo: "Bueno, necesito algo de tiempo para pensarlo". Y yo: "Muy bien, tienes hasta mañana al mediodía" [risas]. Volvíamos de los Ángeles en coche. Estábamos a la altura de San Luis Obispo y no volvimos a hablar hasta llegar a San Francisco. Cuando llegamos, me dijo: "Vale, me caso"".

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Actualmente escribe siempre en su estudio de Sausalito, "una cochera que mi marido arregló, en silencio, en soledad, con las velas prendidas, con mis libros, con las fotografías de las personas que amo, pero eso es el ideal, si uno tiene la necesidad de escribir… es como la necesidad de hacer el amor: lo haces detrás de la puerta en cualquier parte". Efectivamente, sus primeros libros nacieron en lugares de lo más diverso. "La casa de los espíritus", por ejemplo, fue escrita en la cocina de su casa, por las noches, en una máquina portátil.
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En una ocasión tuvo un sueño erótico sobre su buen amigo Antonio Banderas, en el que éste aparecía desnudo y completamente cubierto de guacamole, tumbado sobre una tortilla. Ese fue el comienzo de Afrodita". Pero hubo otro sueño que la sacó de una especie de parálisis que la autora sentía frente a la ficción. "Un día soñé que del corazón del continente sudamericano salían cuatro indios llevando en una angarilla una caja grande de regalo para el Conquistador.
El hombre esperaba impaciente. Su mano enguantada -que era también la mano mía- escribía en letra cursiva: si abres la caja serás herido por una herida invisible por donde se te irá la vida en hilos de palabras". La autora, por supuesto, decidió ir a abrir la caja. Ese día encendió su computadora y escribió la primera frase de una historia que nada tiene que ver con indios o conquistadores.
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Mucha gente la confunde con la hija de Salvador Allende, que también se llama Isabel. "En Chile todo el mundo sabe quién es ella, y quién soy yo. Pero en el exterior…El periódico "La Repubblica", de Italia, publicó un artículo sobre una manifestación comunista en la que había participado la otra Isabel, pero la foto que sale es la mía. El FBI debe tener un archivo así de grande sobre mí, con todo lo que hace mi prima".