Suite au succès de son film précédant, Almodóvar donne un tournant brusque à son cinéma, tant visuellement que thématiquement. Pour la première fois il partage l´ écriture du scénario avec l´auteur Jesús Ferrero. "Matador" (1985) devient le film le plus "bizarre" de l´auteur. Ce long-métrage s´éloigne du naturalisme et de la comédie pour se transformer en une belle fable sur la mort, le sexe et la culpabilité. En Espagne, le film suscita une grande émotion et divisa l´opinion publique, mais malgré tout reçut un bon accueil à l´étranger et particulièrement en Amérique Latine.

En 1986, Pedro Almodóvar dirigea "La loi du désir". Pour la première fois, il auto-produit son film avec son frère Agustín. Tous les deux ont crée, bénéficiant de la loi de Pilar Miró de 1983, leur propre maison de production, "El Deseo". Malgré le succès de sa filmographie passée et de la nouvelle loi sur le cinéma, "La loi du désir " a d´énormes difficultés pour recevoir des aides officielles et se transforme en un défi économique pour la jeune maison de production. Précisément ce défi et la liberté qu´il apporte fait de "La loi du désir " l´un des films les plus libres de l´auteur et du cinéma espagnol de l´époque.

En 1987 "Femmes au bord de la crise de nerfs" est le point d´inflexion dans l´œuvre de Pedro. Cette comédie blanche fait le tour du monde, et est applaudie par le public et la critique. Elle reçoit jusqu à cinquante prix nationaux et internationaux et est nommée aux Oscars de Hollywood, elle bat des records de nombre de spectateurs tant en Espagne qu´à l´étranger.

Au long de l´année 1988, il voyage incessamment savourant les avantages et désavantages du succès. Afin de fuir tout cela, il se réfugie de nouveau à Madrid. Pendant que continue l´agitation autour de son film " Femmes...", nommé aux Oscars, il tourne un nouveau film, "Attache-moi" (1989.). Cette œuvre marque la rupture avec son actrice de référence, Carmen Maura et annonce le début d´une collaboration fructueuse avec une autre grande diva du cinéma espagnol et européen: Victoria Abril. Ce film connaît un énorme succès, près de un million de personnes en Espagne vont voir le film.

Malgré tout, aux Etats-Unis, sa diffusion a été accompagnée par le scandale et la polémique. La MPAA (Motion Pictures Association of America), organisme chargé de la qualification des films, marginalisera son film en le désignant comme un film X. Appuyé par Miramax, le distributeur du film aux Etats-Unis, Pedro et d´autres victimes du puritanisme Nord américain entameront une tenace bataille légale. Cette lutte eut pour résultat une nouvelle qualification, la NC17, attribuée à tous les films naturalistes qui auparavant étaient injustement considérés comme pornographiques. Toute cette polémique a causé préjudice au film.