Tras el éxito de su anterior película, Almodóvar da un giro brusco en su cine, tanto visual como temáticamente. Por primera vez comparte la autoría del guión con el escritor Jesús Ferrero. "Matador" (1985) se convierte en la obra más "rara" del autor. Este largometraje se aleja del naturalismo de los anteriores y de la comedia para convertirse en una bella fábula sobre la muerte, el sexo y la culpa. En España, la película crea gran desasosiego y diferencia de opiniones, sin embargo, es muy bien recibida en el extranjero, particularmente en latinoamerica .

En 1986, Pedro Almodóvar dirige "La ley del deseo". Por primera vez se produce a sí mismo, junto a su hermano Agustín. Ambos han creado, beneficiándose de la ley de Pilar Miró de 1983, su propia productora, "El Deseo". A pesar del éxito de su filmografía anterior y de la nueva ley de cinematografía, "La Ley del Deseo" Tiene fuertes problemas para recibir ayudas oficiales y se transforma en un reto económico para la recién creada productora. Precisamente este desafío y la libertad que éste conlleva convierten a la "Ley del Deseo" en una de las películas más libres del autor y del cine español del momento.

En 1987 "Mujeres al borde de un ataque de nervios" se convierte en el punto de inflexión de la obra de Pedro. Esta comedia blanca da la vuelta al mundo, siendo aplaudida por crítica y público. Recibe hasta cincuenta premios nacionales e internacionales y es nominada al Óscar de Hollywood, rompiendo algunos records de taquilla tanto en España como fuera de sus fronteras.

A lo largo de 1988, viaja incesantemente, saboreando las ventajas y desventajas del éxito. Para huir de todo ello, se refugia de nuevo en Madrid y mientras continúa el alboroto de sus "Mujeres..." nominadas al Oscar, rueda una nueva película, "Átame" (1989.) Esta obra marca la ruptura con su actriz de referencia, Carmen Maura y el comienzo de una fructífera colaboración con otras de las grandes divas del panorama español y europeo: Victoria Abril. La película arrasa en las taquillas españolas, cerca de un millón de personas acuden al cine a verla.

Sin embargo, en EE.UU. su exhibición estuvo acompañada por el escándalo y la polémica. La MPAA (Motion Pictures Association of America), organismo encargado de la calificación de las películas, marginó su distribución con el estigma de una X. Apoyado por Miramax, la distribuidora de la película allí, Pedro y otras víctimas del puritanismo norteamericano entablaron una tenaz batalla legal. Como resultado de esta lucha nació una nueva calificación, la NC17, adjudicada a todas aquellas películas de naturaleza explícita que anteriormente eran injustamente consideradas pornográficas. La película se resintió de toda la polémica.